Глава администрации Краснодара, Евгений Наумов, утвердил проект застройки зеленой зоны на набережной в Юбилейном микрорайоне, где будет возведен храм. Это решение стало возможным после внесения изменений в генплан города, что вызвало недовольство среди граждан. Копия документа была опубликована активисткой Яной Антоновой, в которой четко указано размещение собора Пресвятой Богородицы в пределах зеленой зоны. Ранее эта территория была отведена для парков и скверов.

С момента первых разговоров о строительстве храма в 2021 году, жители активно выступали против, ссылаясь на генплан. В августе 2024 года началась подготовка участка под храм, что вызвало заявление губернатора Кубани Вениамина Кондратьева о том, что «храму быть». В конце сентября проект изменений в генплане определил эту зону как «религиозное использование».

Горожанам была предоставлена всего неделя для подачи замечаний к новому генплану, что также вызвало протесты. Власти не согласовали митинг против застройки, перенаправив протесты на окраину города. Противники строительства столкнулись с репрессиями, включая задержания активистов. Несмотря на давление, новый генплан был принят депутатами городской думы. Депутат Александр Сафронов сообщил о давлении на председателей самоуправления, требуя контролировать распространение критической информации.